通过比较可以看出，传统式与自主式在管理上各具优势与特色，互为补充。
我国图书馆工作人员的构成非常复杂，既有正式的在编职工，也有教师员工的家属，还有一些临时工。科研搞不上去，在职称评审中自然而然也就只能靠边站了
对系统相关管理和维护员工的作用要更加引起关注，他们的专业知识技能，可以及时性的解决系统出现的问题和弥补发生的漏洞，提高了网络系统的工作效率以及延长了计算机等设施的使用期限，同时还能一定程度的降低相关维护经费，确保在低支出的情况下依旧维护了系统的稳定与安全。包括没有辐射，没有噪音和强烈震动，以及配有防漏水，防火灾和一定程度的抗地震性能的措施。很多老化和过时的系统硬件仍旧在使用，图书馆管理者不舍得花钱去更新好的高效的设备，导致了系统的工作效率比较低。
（二）管理人员的水平和素质有待提高。但是应用到管理层面则出现了一些问题，不稳定和容易遭受来自网络的攻击，随着网络的迅速发展，管理系统也更加面向大众，对于图书馆这类建设，管理问题是至关重要的。
防火墙是一种硬件和软件相结合的技术，市场上销售量比较多的质量有保证的防火墙软件有天网防火墙和诺顿网络安全特警系列等等，能够很好的阻止外网对内网的入侵，并自动把非法不安全的服务器和用户筛选掉，杀毒软件则可以很好的减少病毒的侵犯，确保系统的数据是安全的。
还要时常更新系统的软件设备，升级病毒库以及更换相应的硬件设施。除此之外，由于图书馆的教辅单位的定位，带来了学科馆员缺乏必要的考核与奖励机制，在收入上明显偏低，与之相应的学术地位也偏低，在与教师、行政干部的收入分配竞争上处于劣势，这同样会导致图书馆优秀人才的外流以及很难吸引优秀高素质人才来参与图书馆学科馆员队伍的建设。
面对以上困难，需要地方院校克服畏难情绪，针对自身办学实际，采取必要措施以达到真正推进学科馆员制度建设的目的。与此同时，根据本校的实际情况，图书馆通过合理的实行学科馆员人才的聘任选拔制度、科学的图书馆馆员管理与考核制度等一系列针对学科馆员的制度，建立学科馆员绩效考评制度和分配制度。
地方高校图书馆实施学科馆员制度能够提升图书馆文献资源建设的质量。对于地方院校图书馆而言，制约学科馆员制度建设的主要因素是人员素质不高、科研能力薄弱，特别是缺乏专业的图书馆学、图书情报学人才。